Es la unidad técnica de la Subsecretaría de Salud Pública, encargada de la Regulación y Rectoría en términos de prevención y control de enfermedades y salud de las personas, generando programas y orientaciones técnicas para la población general del país y orientando de paso las mejores estrategias de intervención en base a la mejor evidencia disponible.

Su misión es contribuir a elevar la calidad y nivel de salud de la población liderando la formulación, seguimiento y evaluación de políticas públicas en prevención y control de enfermedades, ejerciendo un rol rector y regulador considerando los enfoques de derechos, equidad, genero, participación y que atienda las determinantes sociales y necesidades de salud de la población en base a la mejor evidencia disponible.